Miniconda 利用ノート

Miniconda の利用に関する事実関係の覚え書きと、その利用について思うところを記す。

Note

本稿執筆時の動作環境は次のとおり。

OS:

Windows 10 Home (64 bit), WSL2, Ubuntu 24.04.1 LTS

Bash:

GNU bash, version 5.2.21(1)-release (x86_64-pc-linux-gnu)

Miniconda:

24.3.0

Python 本体および Python 製パッケージのバージョンについては、必要に応じて本文で明記していく。

概要

Conda を含むシステムとして Anaconda と Miniconda が存在する。本稿では後者のシステムのみを解説していく。

Miniconda is a free, miniature installation of Anaconda Distribution that includes only conda, Python, the packages they both depend on, and a small number of other useful packages.

Conda とは、オープンソースパッケージの管理システムであり、それらに対する環境管理システムだ。すなわち、

• パッケージの複数のバージョンおよびそれらの間の依存関係をインストールしたり、

• それら（環境と呼ぶ）を容易に切り替えたり

する機能がある。Conda は Python プログラムについて製作されたものだったということだが、現在ではどのようなソフトウェアでもパッケージにしたり配布したりすることが可能であるそうだ。

If you need more packages, use the conda install command to install from thousands of packages available by default in Anaconda’s public repo, or from other channels, like conda-forge or bioconda.

Anaconda が既定の状態でかなりのパッケージを自動的にインストールするのに対し、 Miniconda は conda, Python および依存パッケージしか含まない。ドキュメントをすべて読んだわけではないが、両者の決定的な違いはこれだけではないかと思う。

その他、conda にはレジストリーに所望のパッケージが存在するかを問い合わせたり検索したりする機能や、当然ながら、インストール済みのパッケージの一覧表示、更新、削除といった機能がある。

Note

Miniconda 環境下で pip install を併用することも可能ではあるが、その場合はには後者の登録庫にしか当該パッケージが存在しないことを必ず確認しろ。

このノートを読み返すときに得られるようにしておく情報は次のとおり：

1. 必要なら古い Miniconda を環境ごとアンインストールする

2. Miniconda をインストールする

3. 所望の Python バージョンに対応する仮想環境を構築する

4. 仮想環境に所望のパッケージをインストールする

アンインストール手順

Anaconda documentation 内記事 Uninstalling Miniconda の Linux プラットフォームの手順に従え。

インストールをアレンジした場合、インストールディレクトリーは後述のように変更したならば rm -rf の引数をそれに合わせろ。仮想環境は本体と同時に消失する。

構成ファイルを完全に削除する場合は、どのディレクトリーに置いたのかを忘れても、コマンド conda info で確認しろ。構成ファイルについては後述する事項にも留意しろ。

Note

Miniconda というより Miniforge の文書だが、アンインストールの手順が簡潔に記されている： <https://github.com/conda-forge/miniforge/blob/main/README.md>

利用者ノート

面白いのはコマンド conda init --reverse の適用だ。.bashrc の関連コード片をまっさらに戻す。

インストール手順

Anaconda documentation 内記事 Installing Miniconda の Linux プラットフォームの手順に従え。

本体

本体のインストール手順は専用シェルスクリプトをダウンロードして実行するというものだ。

These four commands download the latest 64-bit version of the Linux installer, rename it to a shorter file name, silently install, and then delete the installer:

当該記事 Quick command line install 節より

mkdir -p ~/miniconda3
wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh -O ~/miniconda3/miniconda.sh
bash ~/miniconda3/miniconda.sh -b -u -p ~/miniconda3
rm ~/miniconda3/miniconda.sh

このスクリプトは 140 MB 程度の巨大なファイルであり、内容を確認するのは控えざるを得ない。この例で用いられているインストーラーのコマンドラインオプションは次のとおり：

オプション	動作
-b	バッチモード（対話的操作なし）でインストールを実行する
-p PREFIX	パス PREFIX にインストールする
-u	既存のインストールを更新する

これらのコマンドをそのまま実行しない。使用者が自分なりにアレンジするのが通例だ。例：

• 専用作業ディレクトリーでコマンドを実行する

• 本文が勧めるように、ダウンロードファイル名を紛れのない名前にする

• インストール先を $HOME 直下にしない (e.g. -p $XDG_DATA_HOME/miniconda3)

仮想環境を作成する

インストール時点で base という仮想環境が用意されているが、それだけをそのまま使い続けるのでは何のために Miniconda を利用しているのかわからない。少なくとも、 Python のマイナーバージョンごとに仮想環境を構築することを考える。

ゼロから構築する

仮想環境を構築するには conda create コマンドを実行する。仮想環境にはわかりやすい名前をなるべくつけろ。安直でかまわない。例えば Python 3.13 が入手可能の最新版ならば次のような手順が自然だ：

conda create

conda create -c conda-forge -n python-3.13 "python>=3.13"
conda activate python-3.13

仮想環境を作成したら、何かしらのパッケージをただちにインストールするのが普通だ。インストール時のコマンドライン引数を減らすために、対象環境を activate しておく。

仮想環境作成と同時にパッケージも導入する

あらかじめ利用したいサードパーティー製パッケージが判明している場合には、仮想環境作成コマンドライン引数にパッケージ名を列挙すればよい。必要最低限に絞っておくのがコツだ：

仮想環境 myenv を作成すると当時に Scrapy をインストールする

conda create -c conda-forge -n myenv "python>=3.13" scrapy "pyopenssl>=24"

Python パッケージ

Python パッケージをインストールするのは、戦術の手順を実施して Miniconda 本体が所望のパスにインストールされたことを検証してからにしろ。また、構成ファイルでダウンロードチャンネルを適切に指定するのを済ませてからにしろ。

仮想環境からパッケージをアンインストールする

仮想環境 myenv から例えば Scrapy をアンインストールするには次のようにする：

conda remove 実行例

conda remove -n myenv scrapy

• このとき、Scrapy に依存する別のパッケージも併せてアンインストールされる。

• パッケージを一度に複数アンインストールすることも可能。引数にパッケージ名を並べれば良い。

すべてのインストール済みパッケージをアンインストールするならば、次のようにするのがよい：

conda remove --all 実行例

conda remove -n myenv --all --keep-env

仮想環境 myenv 自体が不要というのならばオプション --keep-env を与えなければよい。

仮想環境にパッケージをインストールする

仮想環境 myenv に例えば Scrapy をインストールしたいとする。次のようにしろ：

conda install 実行例

conda install -c conda-forge -n myenv scrapy "pyopenssl>=24"

仮想環境におけるパッケージ一覧を示す

仮想環境におけるパッケージ一覧を示すにはコマンド conda list を使う。

conda list -n myenv

仮想環境 myenv にインストールしたパッケージすべてを確認する。

conda list -n myenv --export

コマンド coda create オプション --file の引数ファイルの内容として有効な書式で出力する。出力をファイルに保存しておき、後で新しい仮想環境を構築するときの入力として使用することが可能だ。

conda list -n myenv --show-channel-urls

チャンネル URL と共に出力する。パッケージが conda-forge からインストールしたものであるかを確認するのに使える。

仮想環境にあるパッケージを更新する

パッケージを更新するにはコマンド conda update を用いる。ここで言う更新とは、互換性のある最新版に置き換えることを意味する。パッケージ名（一般には複数）を受け取り、環境内の他のすべてのパッケージと互換性のあるバージョンをダウンロードして置き換えるのだ。

最新版をインストールすることを達成するために、インストール済みのパッケージを更新したり、他のパッケージを追加的にインストールしたりすることがある。

conda update -c conda-forge -n myenv pyopenssl

パッケージ pyOpenSSL を更新する。仮想環境 myenv にインストールされているものとする。

conda update -c conda-forge -n myenv --all

パッケージすべてを更新する。パッケージ名を列挙する手間が省略できている。

パッケージを集約庫から検索する

目当てのパッケージを検索するというより、その最新バージョンを確認するほうが主な目的としてコマンド conda search を実行する。基本的には conda-forge からしか検索しないのが望ましい：

conda search 実行例

conda search -c conda-forge 'python>=3.14'
conda search conda-forge::python[version='>=3.14']

構成

Miniconda の動作や配置をカスタマイズしたい。インストールパスは既定のものとは変更することは前述した。

Bash 起動ファイルに関連コードを追加する

Bash 使用者おなじみの .bashrc に conda がシェルとうまく相互作用するためのコードを conda init コマンドを実行することで挿入する：

conda init 実行例

conda init -d -v --user
conda init

プレビューを確認してからオプションを外してコマンドを実行することで .bashrc を変更するのが堅実だろう。このコマンドが生成するコードが少々悪いので、定数を適宜宣言し、リテラル表現を置き換えるなどして保守性を高めてもよいが、どうせ conda init を再実行する機会はもうないので不要とも考えられる。

conda init が生成するコード片

# >>> conda initialize >>>
# !! Contents within this block are managed by 'conda init' !!
__conda_setup="$('/path/to/miniconda3/bin/conda' 'shell.bash' 'hook' 2> /dev/null)"
if [ $? -eq 0 ]; then
    eval "$__conda_setup"
else
   if [ -f "/path/to/miniconda3/etc/profile.d/conda.sh" ]; then
       . "/path/to/miniconda3/etc/profile.d/conda.sh"
   else
       export PATH="/path/to/miniconda3/bin:$PATH"
   fi
fi
+unset __conda_setup
# <<< conda initialize <<<

この作業により、特にコマンド conda activate と conda deactiate が Miniconda の想定どおりに機能するようになる。

conda が機械的に追加した上記コード片は conda init --reverse で元の内容に戻せる。手動で編集したいのが普通なので実行はしないという場合でも、--dry-run をオプション追加することで .bashrc が変更されるかどうかをあらかじめ知ることが可能だ。

ユーザー構成ファイルパスを変更する

複雑な事情により、次の手順のようにするのが最善であることを述べるのは割愛する。

事前条件

• 環境変数 XDG_CONFIG_HOME がいつものように設定されている

• ディレクトリー $XDG_CONFIG_HOME/conda/condarc.d が存在する

• 上記ディレクトリーにファイル .condarc が存在する

構成ファイルパス設定手順

1. Bash 起動ファイル .bashrc に環境変数 CONDARC を定義する。値は .condarc への絶対パスとする。

2. ファイル $HOME/.condarc が生成されていたら、それをファイル $CONDARC に上書きしてしまう。

3. ディレクトリー $HOME/.conda が生成されていたら、それをディレクトリー $XDG_CONFIG_HOME/conda として移転する。

4. シンボリックリンクを下記のように二つ作成する。

.bashrc で CONDARC を定義する例

export CONDARC="$XDG_CONFIG_HOME/conda/condarc.d/.condarc"

構成ファイルパス設定手順例

mv ~/.condarc "$CONDARC"
mv ~/.conda/* $XDG_CONFIG_HOME/conda
ln -s "$CONDARC" ~/.condarc
ln -s ~/$XDG_CONFIG_HOME/conda ~/.conda

このようなシンボリックリンクを使用者が用意する必要がないように Miniconda が設計されていて然るべきなのだが、動作を見る限りではそうなっていない。

See also

• XDG Base Directory 利用ノート

• Using the .condarc conda configuration file

チャンネルを変更する

コマンド conda install や conda update など、パッケージをどの置場から取得するかを指定するにはオプション -c CHANNEL が基本的だ。この値を構成ファイルから指定することが可能だ。コマンド conda config を実行する：

conda config --add channels の例

conda config --add channels conda-forge
conda config --show channels

コマンド conda config --show でその他も含むディレクトリーパスを確認可能だ。

呪文一覧

基本

conda --help

conda の使用法を示す。コマンド一覧を確認可能。

conda COMMAND --help`

コマンド conda COMMAND の用途、引数、オプションを示す。

conda --version

conda のバージョンを示す。

• オプション -n ENVIRONMENT があるコマンドでは作用する仮想環境を指定可能。指定しない場合には active な仮想環境が適用される。

• オプション -c CHANNEL があるコマンドでは、パッケージ取得源となるチャンネルを指定可能。指定しない場合には .condarc に基づいて決定される。

• オプション -d, --dry-run があるコマンドでは、その実行結果を下見可能だ。

Miniconda 構成を変更・表示する

コマンド conda config でファイル .condarc に記載した項目を操作する。Git で言うところのコマンド git config を意識したものだという。

確認

conda config

何も起こらない。

conda config --show

最終的な構成値すべてを示す。

conda config --show channels

構成項目 channels の内容を出力する。本ノートの立場では conda-forge がただ一つの登録項目として示されて欲しい。

conda config --show envs_dirs

仮想環境が収納されるディレクトリー一覧を出力する。なぜ複数あるのか？

conda config --show-sources

conda が認識している構成ファイルすべての一覧を出力する。

conda config --describe

ファイル .condarc の雛形を出力する。

conda config --validate

.condarc すべてを検証する（構成ファイルの書式エラーを調べる）。

変更

項目変更操作では対象となる .condarc を明示的に選択するのが良い：

オプション	対象構成ファイルパス
--system	$CONDA_ROOT/.condarc
--env	$CONDA_PREFIX/.condarc

CONDA_ROOT および CONDA_PREFIX の値は次の節で述べるコマンドで得られる。どちらも指定しない場合にはユーザー .condarc が対象となる。

コマンド conda config は仮想環境を指定するオプションを備えていない。

conda config --env --remove channels defaults

現在の仮想環境のパッケージ登録庫から defaults を外す。

conda config --env --add channels conda-forge

現在の仮想環境のパッケージ登録庫に conda-forge を加える。この二つのコマンドを実行しておくことにより、現在の仮想環境を対象とする conda コマンド実行時にオプション -c conda-forge を明示的に指定する手間が省ける。

conda config --set channel_priority strict

.condarc に記載したチャンネルを記載順に優先するように指定する。チャンネル一覧に defaults を残している場合にこの指定は重要だ。

Miniconda 自体の情報を示す

conda info

目的に合わせてオプション --json を指定し、JSON 書式で出力することも考えろ。

conda info --base

仮想環境 base のルートディレクトリーパスしか示さない。

conda info --envs

仮想環境一覧。米印の付くものは現在の仮想環境を示す。

conda info --system

conda が用いる環境変数の一覧を含む情報各種を示す。このコマンド出力から意図せぬパスが値になっていないことを確認しろ。

上の表にある CONDA_ROOT などはこのコマンドで得られる。

未使用パッケージやキャッシュを消去する

コマンド conda clean は掃除操作に使う。仮想環境を指定しない。

conda clean --all

インデックスキャッシュ、ロックファイル、未使用のキャッシュパッケージ、tar ファイル、ログファイルを削除する。

書き込み可能なパッケージを込めてすべてを消去したい場合にはオプション --force-pkgs-dirs を付けろ。

仮想環境を指定して実行形式を走らせる

他の仮想環境ツールにも同等の機能があるように、コマンド conda run を使うと、指定した仮想環境において指定したコマンドを走らせる。利点は activate と deactivate を前後に実行する手間が省けることだ。

conda run -n myenv COMMAND

仮想環境 myenv にあるものとしてコマンド COMMAND を実行させる。

雑多なノート

• Anaconda ではなく Miniconda を選択した理由は、必要十分なパッケージを利用可能にしたいからという、個人的な嗜好による。

• Miniconda を利用することの（私にとっての元々の）利点は、どのパッケージでもインストールとアップグレードの方法が統一化されるということだ。当ノートではいろいろな Python パッケージについての学習事項をつづってきたが、それぞれに記すハメになっていた、インストールおよびアップグレードの手順記載云々をする必要がなくなったのも大きい。

• Miniforge というツールが存在するようだ。本稿では手作業でパッケージチャンネルを defaults から conda-forge に置き換えた。これがあらかじめ施されているなどの特徴がある。

pip との兼ね合い

ソースインストールでない pip install を使えるかどうかを判定したい。

インストールしたいパッケージの公式文書がその手順としてコマンド pip install を記している場合、まずはコマンド conda search -c conda-forge PKG を確認する。結果が望ましいならば、そのまま conda install に移行すればいい。

• チャンネル conda-forge にパッケージがない

• パッケージのバージョンが旧版である

など、最善とは言えない条件であるならば、仕方なく pip install コマンド、またはプロジェクト指定のパッケージ管理ツールでインストールするしかない。

資料集

Miniconda

公式文書。用語集も有用。

conda-forge documentation

conda-forge 公式文書。User Documentation の章をまずは読め。

mamba-org/mamba

C++ で書き直された conda に独自機能を加えたものだとみなせる。

mamba-org/micromamba-releases

micromamba はそれ単体で動作する mamba だ。